大山楂丸由山楂、麸炒六神曲、麦芽组成，其含有的成分会与一些药物发生相互作用，导致药效降低或者增加毒副反应，应避免同时使用，举例如下：
1、抗生素可减弱神曲酶活性，甚至使药效消失，不宜同时使用。
2、山楂可降低红霉素的杀菌作用；山楂与多西环素、异烟肼容易形成络合物，影响药效；山楂与氢氧化铝、氨茶碱、碳酸氢钠可发生中和反应，使得药效降低或失效；山楂与磷酸盐（磷酸氢化喹啉、可待因）、硫酸盐（硫酸亚铁）易产生沉淀，降低疗效；山楂与钙制剂容易形成络合物，影响药效，需避免合用。
3、山楂与呋喃妥因、利福平、吲哚美辛合用会加重对肾脏的毒性；山楂容易使磺胺类药物析出结晶而导致结晶尿、血尿、尿闭等；山楂可增强地高辛的作用和毒性，也应避免同时使用。
使用本品期间，也不宜同时服用滋补性中药，如阿胶、人参、肉桂、龙眼等。本品与其他药物同时使用，也可能出现相互作用，所以不建议自行合用其他药物，如果需要，请提前咨询医师或药师。