临床上主要通过以下方式来治疗跖疣，将其去除。

1、使用二氧化氮进行局部冷冻治疗，是目前治疗跖疣最常用的方法。此方法可将疣体冷冻坏死，然后慢慢脱落。

2、若跖疣较多、较深、较大，则可使用二氧化氮激光来进行治疗；更严重者还可考虑光动力疗法。

3、部分患者还可通过口服中药，使用中药进行局部外用、泡洗等来进行治疗。中医认为，跖疣是由于热毒之邪壅滞肌肤所致，治疗主要在于清热解毒，故常用马齿苋、蜂房、木贼、香附等中药。