若跖疣经治疗后疣体脱落，则一般不会复发，认为将其断根。通常可使用以下方式：
1、局部冷冻治疗：一般来讲，体积较小、单一的疣体，经1~2次冷冻治疗后，可发生坏死而后脱落，多不会再发。
2、二氧化氮激光治疗：较为严重者，还可使用二氧化氮激光进行治疗。通常根据皮损的情况，来决定治疗的次数。若疣体被激光去除，则一般不再复发。
3、光动力疗法：部分较为隐蔽的疣体，不适用激光治疗，则可考虑光动力疗法。医生将一种光敏剂涂在疣体处，以便更好地显示疣体分布，然后利于光照将疣体破坏，从而去除疣体。
部分跖疣可能由于免疫功能下降后引起的病毒感染所致，故而很难消退。如接受肾移植的患者因使用一些抗排异的药，从而抑制机体的免疫功能，则容易使疣体生长，难以被消退。
