引起头皮毛囊炎的病因非常多，临床主要是针对病因来选择用药进行治疗。
1、细菌感染引起的头皮毛囊炎，可以用抗生素进行治疗。
2、真菌感染引起的头皮毛囊炎，可以用二硫化硒洗剂、酮康唑洗剂等进行外洗，也可以口服氟康唑、伊曲康唑等抗真菌的药物。此外，一些中成药，如丹参酮、大蒜肠溶片等，也有很好的抗真菌效果。
3、因长期使用免疫抑制剂而出现的毛囊炎，可遵医嘱适当减少免疫抑制剂的剂量，同时外用一些保护皮肤黏膜屏障的药物。
此外，免疫功能低下引起的头皮毛囊炎，可以通过提高免疫力来改善；血糖高引起的头皮毛囊炎，可以进行降血糖、皮肤护理等。而外伤引起的头皮毛囊炎主要通过避免外伤来防止其发生，如植发术前要做好头皮的清洁消毒，术后加强护理等。在治疗过程中，还可酌情联合应用红豆薏米粥、金银花菊花茶等进行食疗。