碳酸钙D3颗粒主要用于儿童、妊娠和哺乳期妇女、更年期妇女、老年人等的钙补充，并帮助防治骨质疏松症。但并不是所有缺钙的患者都适合服用，患有高钙血症、高尿酸血症的患者不能服用；对本品过敏者禁用，过敏体质者慎用，心肾功能不全者慎用；肾结石患者则应在医师指导下使用。
服药后，患者可能会出现便秘、打嗝等副作用，过量服用还可发生高钙血症，偶尔可发生奶-碱综合征，表现为呼吸变慢、精神躁动、嗜睡及尿变少、手脚抽搐等症状。所以，碳酸钙D3颗粒最好放在高处，不能让孩子接触到，避免孩子大量服用。如果使用时发现碳酸钙D3颗粒的性状发生改变，也禁止使用。
由于碳酸钙D3颗粒中含有矿物质钙，会与多种药物发生药物相互作用，可能引起药效降低或是引起某些不良反应，所以服药过程中如果要合用其他药物，请提前咨询医生，避免合并用药风险。