在大多数情况下，卵巢肿瘤的病因是不明确的。部分卵巢肿瘤和基因突变有关。科学研究发现，乳腺癌相关基因中的BRCA1和BRCA2突变以后，女性患有卵巢肿瘤的概率要比正常女性高出二三十倍。但目前并没有研究证明，某个基因突变会引起卵巢肿瘤。