甲紫溶液属于三苯甲烷类染料消毒剂，能与微生物酶系统发生氢离子的竞争性对抗，使酶成为无活性的氧化状态，而发挥杀菌作用。甲紫主要对革兰阳性菌（如葡萄球菌、白喉杆菌）、绿脓杆菌、白色念珠菌、表皮癣菌有杀灭作用，对其他革兰阴性菌和抗酸杆菌几乎无作用。
临床上，甲紫溶液主要用于治疗皮肤和黏膜的化脓性感染，白色念珠菌引起的口腔炎，也用于烫伤、烧伤等。而不适用于深部感染，或者已经破溃、化脓的皮肤处，否则可能掩盖病情，加重感染。临床也将甲紫溶液用于坏死性龈口炎、雪口病、鹅口疮的治疗。
甲紫溶液属于处方药，具体涂药方式、频次、疗程还需由医生决定。对于不同的疾病，甲紫溶液的使用方式可能都有所不同，所以患者一定要严格按医生处方用药，以获得安全、有效的治疗。