同仁牛黄清心丸的组成还是比较复杂的，由人工牛黄、羚羊角、人工麝香、人参、白术（麸炒）、当归、白芍、柴胡、干姜、阿胶、桔梗、水牛角浓缩粉等27味药组成，其中人参、白芍与藜芦或其制剂同时使用，如三七血伤宁胶囊、神州跌打丸，容易出现毒副反应；人参与五灵脂或其制剂，如田七痛经胶囊、舒肝调气丸，同时使用也容易出现副反应，所以需要避免合用。
本品与其他药物之间也可能出现相互作用，导致药效降低或者增加毒副反应。
同仁牛黄清心丸为处方药，需要在医师指导下使用。就医时，应告知医师您近期用药情况，方便医师排除合并用药禁忌，并制定合适的治疗方案。用药期间，也不建议自行合用其他药物，如果需要，请提前咨询医师或药师。