肾上腺囊肿的确切病因目前尚不清楚，可能与肾上腺实质内出血、血管瘤、血管畸形、淋巴管梗阻、肿瘤囊性退变、寄生虫感染、妊娠、外伤、急慢性感染等因素有关。本病一般可分为四种类型，即假性囊肿、内皮性囊肿、上皮性囊肿、寄生虫性囊肿。不同的病理类型，其致病原因会有所差异。

1、假性囊肿主要由肾上腺组织或肾上腺肿瘤内部出血所致。

2、内皮性囊肿又可分为2种类型，一为淋巴管瘤性囊肿，因淋巴管扩张或淋巴管瘤所致；二为血管瘤性囊肿，因毛细血管扩张所致。

3、上皮性囊肿可能与胚胎发育异常有关。

4、寄生虫性囊肿，最常见的为包虫性囊肿，主要由棘球绦虫引起。