1、皮肤不良反应：常见出现皮疹，一般出现在使用拉莫三嗪开始治疗的前8周。大多数患者出现的皮疹是轻微的，可在停药后自行消失。少数患者会出现罕见的、严重的、潜在威胁生命的皮疹。12岁以下儿童出现严重皮疹的危险高于成人。少数患者皮疹恢复后会出现不可逆性瘢痕。
2、神经系统不良反应：包括头痛、疲倦、头晕、嗜睡、失眠等。
3、精神方面不良反应：部分患者会出现激惹/攻击行为、焦虑、精神混乱和幻觉等。
4、运动紊乱反应：包括抽搐、不安、共济失调、眼球震颤和震颤；先前患有帕金森氏病的患者，服用本品可能会加重其帕金森氏症状；个别患者有出现锥体外系作用和舞蹈病手足徐动征。
5、肝功能不良反应：部分患者肝功能检查异常，罕有肝功能衰竭的症状。
6、消化道不良反应：胃肠道紊乱，表现为腹泻、恶心、呕吐、消化不良等。
7、其他的不良反应：包括复视、视力模糊、结膜炎；血液学异常，包括中性白细胞减少症、白细胞减少、贫血、血小板减少症、全血细胞减少症和再生障碍性贫血和粒细胞缺乏症。