肾盂癌大多属于尿路上皮癌，与吸烟有密切关系。长期吸烟人群的发病风险较正常人可增加数倍；目前已戒烟但既往吸烟者的发病风险也较正常人高。

除吸烟外，从事化学、石油和塑料工业，长期接触芳香胺类物质、滥用非那西汀等镇痛药物、反复感染、肾盂慢性炎症、尿路结石长期刺激、使用环磷酰胺等化疗药物、大量饮用咖啡，以及林奇综合征、巴尔干肾病、马兜铃酸肾病等，也可能会引起肾盂癌的发生。