移植失败后胚胎会被机体吸收或排出体外。胚胎移植失败一般表现为胚胎没有成功着床，其原因主要来自胚胎的质量和子宫内膜的容受性。胚胎质量不好可能导致胚胎移植失败，与卵子或精子质量差、卵巢储备低下、女性年龄大、卵巢刺激不满意、受精方式和胚胎培养的策略等因素有关；子宫内膜容受性异常也可能导致胚胎移植失败，与子宫内膜发育不良、在种植窗表达的黏附分子异常、子宫结构的异常、有害的环境等因素有关。