克林霉素磷酸酯凝胶的用法非常简单，通常情况下，用温水洗净患处，轻轻擦干后，取适量凝胶在患处涂一薄层，每日早晚各1次。克林霉素磷酸酯凝胶为皮肤外用药，但不要用于皮肤破溃处。使用时应避免接触眼睛、口、鼻等，若误入眼睛，应立即用清水彻底冲洗干净。
请不要将本品用于其他细菌引起的皮肤感染，否则有可能延误病情，如果不清楚自己属于那种感染，可以去医院接受检查和诊断，只有明确病因才能更好的治疗疾病。孕妇要在医生的指导下谨慎使用克林霉素磷酸酯凝胶。哺乳期妇女如果必须使用本品，应该停止给乳儿哺乳。12岁以下儿童应在医师指导下使用。如果用药部位有烧灼感、瘙痒、红肿等情况应停药，并将局部药物洗净，必要时向医师咨询。