盐酸氨基葡萄糖胶囊和硫酸氨基葡萄糖胶囊的差别并不大，患者服用本品后，药物在肠道中分解并以氨基葡萄糖的形式被人体吸收。氨基葡萄糖是一种小分子氨基多糖，可以增加骨骼钙质的摄取，提高骨组织的代谢功能与营养，改善及增强滑膜液的黏稠度，起到一定的润滑关节作用，因此这两种药物都可以治疗和预防全身所有部位的骨关节炎，包括膝关节、肩关节、髋关节、手腕关节、颈及脊椎关节、踝关节等。
硫酸氨基葡萄糖的硫酸根是合成硫酸软骨素和硫酸角质素的必须成分，而盐酸氨基葡萄糖的氯离子不是合成软骨基质的所需成分，需要通过肾脏代谢，会给患者增加一定的代谢负担。从长期服用的角度来看，氯离子除了可能损害肝肾功能外，还可能导致胃肠道不适。患者可以根据自己的身体状况以及病情进展，选择合适的药物，如果不确定使用哪种药品，可以在咨询医生后再决定。
