复方黄连素片不是禁药。国家药监局曾在2003年6月中旬发布停止使用的化学药品地标品种名单中包括了复方黄连素片，但此次停止使用的药品属于按地方药品标准生产，而经过再评价和整顿后仍未达到国家标准，那些按照国家药品标准生产的药品是不在此列的。
还有就是本品是中西药复方制剂，由于历史原因，有的按照中药审批，有的按照化学药审批，所以会存在同名异方、同方异名，或者成分、品名相同，但处方量和规格不同的情况，为了减少品种混淆，减少用药风险，所以停用了复方黄连素片化学药品地方标准品种，其中不包括已经按照国家药品标准执行的中药品种。
在公布这一停用名单后，药监局也明确规定，撤销其相应的批准文号，并要求生产企业在6个月内自行收回、销毁药品。所以这么多年过去后，目前市面上正规厂家生产的复方黄连素片都是符合国家药品标准的，也是可以在医师指导下放心使用的。