复方黄连素片可用于治疗多种肠道细菌感染，其为处方药，需要在医师指导下服用，就医时医师会帮助您排除用药禁忌，比如，本品可能引起溶血性贫血，导致黄疸，溶血性贫血者禁用；妊娠期头三个月的孕妇慎用；本身脾胃虚寒进食凉的东西容易腹痛、腹泻的患者也需要慎用等等。医师根据您的个人情况，会为您选择适合的药物和剂量、疗程等，所以请不要自行盲目服用。
复方黄连素片成分中含有的盐酸小檗碱不宜与含鞣质的中药合用，如大黄、五倍子、石榴皮等，因为两者会生成难溶性沉淀，降低疗效。本品也可能与其他药物发生相互作用，所以不建议患者自行合用其他药物，如果需要，应提前咨询医师或药师。服药期间，还应注意清淡饮食，不能吃辛辣、油腻的食物。另外，本品药性苦寒，容易损伤脾胃，患者也不可以过服或者久服。