二妙丸具有清热燥湿的功效，适用于湿热下注证的患者，具体可表现为足膝红肿热痛、关节积液、屈伸不利、皮肤红如涂丹且伴有火烧灼感，以及白带量多且臭秽、外阴或阴囊湿痒等。
二妙丸主要由黄柏和苍术组成，其中黄柏的主要成分是小檗碱，具有清热、泻火、解毒的功效；苍术含有挥发油，具有健脾燥湿、解郁避秽的功效。本品组成虽简单，但两药一清一燥，既可以治疗脾胃生湿之源，又可以在湿热下注时截湿之流，所以称为“二妙”。现代研究表明，本品还具有解热、抑菌、镇静、解除胃肠痉挛等作用，也可以在医师指导下用于治疗类风湿关节炎、急性痛风性关节炎、骨性关节炎、慢性盆腔炎、宫颈糜烂，以及外阴、阴囊湿疹等。
症状轻微的患者通常可以自行购买二妙丸使用，但症状较重者，或者局部皮疹需要使用外用药的患者，应在医师指导下服用。一些特殊人群，比如儿童、孕妇、哺乳期妇女、年老体弱者，以及高血压、心脏病、肝病、肾病、糖尿病等慢性病严重者也应在医师指导下用药，以减少服药风险。