大多数的两性畸形是无法彻底治好的，可以通过切除性腺，使患者恢复其社会性别的外生殖器状态，以及防止癌变。其次，可以补充符合患者社会性别的激素，维持其性别，使患者尽可能接近正常的相同社会性别的人。大多数两性畸形患者的生育能力会下降，甚至丧失。如果是比较特殊的类型，如先天性肾上腺皮质增生，通过治疗后，可以保留患者的生育能力。