任何手术都存在风险，可能会发生一些后遗症。虽然目前膜激光切削手术总体的安全性非常高，后遗症相对较少。但由于该手术仍通过有创的操作方式来进行，故术后可能存在一些后遗症。
1、术后感染为最严重的一个后遗症。因此，患者在手术之后，要严格按照医生的叮嘱，避免脏水进入眼睛等，以防发生感染。
2、全飞秒手术后，部分患者可能在夜晚视物时出现眩光。主要是由于手术的区域大约是6.5毫米，而夜晚视物时瞳孔扩大常超过6.5毫米，因此可能出现炫光的情况。
3、部分患者术后还可能出现干眼症等。
总体来讲，全飞秒是目前比较安全可靠、有效矫正近视眼的一种手术方式。