Rett综合征的病因主要是基因突变。其在女性重度智力低下中占重要地位。常见于与X连锁相关的MECP2基因的突变。也与CDKL5等基因突变有关，并可发生于男性。常表现为认知发育落后、手功能的失用、刻板样动作等Rett综合征表现，及难以治疗的癫痫或癫痫脑病样表现。通常预后较差。