性染色体异常的危害主要是造成性发育异常。

性染色体在性发育中起重要作用，可决定性器官的发育，正常情况下女性性染色体组成为XX，男性为XY。若性染色体异常可能会导致先天性卵巢或睾丸发育不全、外生殖器发育畸形（如尿道下裂、外阴畸形等）、第二性征发育不良等情况。

建议患者及时就医，并在专业医生指导下采用激素补充、手术等方法治疗，如通过手术切除体内多余睾丸组织，以防癌变；进行外阴整形手术；酌情补充相应激素刺激性发育等，以获较好治疗效果。