原发性闭经的危害有：

1、最主要的危害是没有月经来潮。

2、若为没有雌激素造成者，可伴有骨质疏松、血脂、糖代谢的改变，以及过早患心血管疾病等。

3、器官发育异常导致者，如子宫、生殖道发育异常，无阴道、无子宫者，可由于器官功能的缺失，影响患者的生育和性生活。

4、由于中枢神经系统的功能减低引起者，可影响其生长发育。应及时补充激素，帮助其正常发育。