部分生理性卵巢囊肿可以怀孕，但若为非生理性囊肿，通常建议手术切除囊肿后再怀孕。

1、如果囊肿小于5公分，且月经期后B超检查囊肿已经消失或明显缩小，则可判定为生理性卵巢囊肿，此时患者可以正常怀孕。原因是生理性囊肿不会对人体造成损害，且很少引起疼痛，往往可在两到三个月经周期内自行消失。

2、若囊肿在月经期后经B超检查持续存在，未消失或明显缩小，则可判定为非生理性卵巢囊肿，此时通常不可以怀孕，需先行手术切除后再考虑怀孕。原因是怀孕时卵巢囊肿可能随子宫增长及孕激素刺激下逐渐增大，同时随子宫抬高，囊肿可能变大出现扭转或破裂，增加流产风险；此外，怀孕期间增大子宫可能会遮挡卵巢囊肿，不利于临床医生通过B超监测囊肿情况，无法掌握囊肿是否恶变。