色素失禁症的危害主要取决于它累及的系统。

1、当色素失禁症只累及皮肤系统时，其危害主要表现为皮肤水疱、脓疱、色素改变、色素脱失等。患儿还可能出现一些其他的皮肤、皮肤附属器或牙齿的表现，比如部分患儿可能会出现条带状、瘢痕状的毛发缺失或脱发；部分患儿会出现数量不等的牙齿缺如，表现为散在的缺几颗牙齿。

2、当色素失禁症累及到神经系统时，其危害比较严重，比如出现智力异常、癫痫等。

3、当色素失禁症累及到眼底时，患儿可能出现眼底的病变或视力受损。

4、当色素失禁症累及到血液系统时，患儿容易出现反复感染的情况。