巨输尿管手术有可能发生后遗症。巨输尿管手术涉及裁剪、再植等过程，如果处理得当，则尿液可以顺利的从输尿管流入膀胱，且不会由膀胱反流回输尿管。如果手术的处理不恰当，就可能引起后遗症，主要包括输尿管梗阻和尿液反流。

1、输尿管梗阻：尿液从输尿管排出的过程中，由于阻力过大，导致尿液无法顺利排入膀胱。

2、尿液反流：尿液流入膀胱后，由于抗反流处理不到位，导致尿液从膀胱内反流入输尿管中。

如果手术后发生这两种后遗症，应根据严重程度进行适当的处理，轻度的后遗症不需要治疗，严重的后遗症可能需要进行第二次手术。由于第二次手术难度较大，建议患者寻求有经验的医生的帮助。