肛周脓肿的分类有两种方法，可以根据感染源分类，也可以根据感染部位分类。

一、肛周脓肿可以根据感染源分为两类。

1、腺源性感染导致的肛周脓肿，感染源来自于肛腺。肛腺能够分泌肛腺液，润滑大便。细菌进入肛腺后，会引起肛腺感染，从而导致肛周脓肿。

2、非腺源性感染导致的肛周脓肿，譬如肛门周围皮肤外伤，引起皮下组织感染，从而导致肛周脓肿。

二、肛周脓肿还可以根据感染部位进行分类，以肛提肌为界。

1、肛提肌以上的称为直肠周围脓肿，包括骨盆直肠间隙脓肿、直肠后间隙脓肿、直肠黏膜下间隙脓肿、高位括约肌间隙脓肿。

2、肛提肌以下的称为肛管周围脓肿，包括肛门周围皮下脓肿、坐骨直肠窝脓肿、肛管后浅间隙脓肿、肛管后深间隙脓肿、肛管周围括约肌间脓肿。