先天性肾积水患者的致病因素常遗传自父母，出生时即存在，因此患者出生后，很难通过后天干预，进行预防。但如果能够明确相关的致病基因，则可以在后代未出生前，进行优生、优育处理，避免出现先天性肾积水的后代。

如果先天性肾积水患者已经出生，一般会通过早期诊断、定期检测、适当处理等，预防其引起严重并发症，属于疾病的二级预防。