巧克力囊肿可以通过以下方法进行检查诊断：

1、症状判断。如果出现强烈痛经、月经不规律、合并不育等症状，须高度警惕是否患上巧克力囊肿；

2、形态学检查。最常见的是B型超声检查，通过该检查，至少80%以上的患者能够得到明确诊断；

3、血生化化验。最主要的是肿瘤标记物检测，其中CA125最有参考价值，据此可明确诊断是否患上巧克力囊肿。