巧克力囊肿可能影响患者的正常生育功能，甚至导致不孕。

巧克力囊肿实际是子宫内膜异位症的一种特殊类型，是由于子宫内膜异位到卵巢形成的。由于异位的子宫内膜具有粘连性，可以导致内分泌紊乱，所以卵巢的分泌功能，以及排卵的过程可能受到影响，从而影响受孕。子宫内膜异位症是导致育龄期女性不孕不育的重要因素，应引起重视。

如果巧克力囊肿的患者出现不育，可进行适当的手术干预，例如在腹腔镜下清除囊肿病灶，将盆腔的粘连分解开，让输卵管更通畅，大多患者可以通过这些治疗，最终实现生育目标。