绝经后巧克力囊肿可能会消失。当女性进入了围绝经期或者绝经期，其激素水平会出现下降，从而导致巧克力囊肿逐渐萎缩，甚至消失。但是，如果巧克力囊肿过大，可能会有一定的残留。
巧克力囊肿是一种自限、自愈性疾病，但是，当女性处于育龄期时，巧克力囊肿可能持续增长。此外，在绝经期以后出现的巧克力囊肿，可能有5‰左右的恶变几率，即1000个绝经期以后出现的巧克力囊肿，会有5个有发生恶变的可能。
一旦在绝经期后，发现巧克力囊肿没有完全消失，或者消失的不理想，就需要及时到医院就诊，专科医生会通过相关的检查，密切监测巧克力囊肿是否发生恶变。
