巧克力囊肿不能预防，但可以通过控制危险因素减少发病的风险。

1、月经期间保证充分休息：现代女性的生活节奏较快，且多注重自身的锻炼。如果不能在月经期间得到很好的休息，仍然进行剧烈的体育运动或过度的体力劳动，那么可能会增加罹患巧克力囊肿的发生风险。 

2、月经期间保持正常保健：比如通过早期监测发现病变并在医生的指导下采取相应的措施，将病变消灭于萌芽状态，避免病情的进一步发展。