不是所有的巧克力囊肿患者都必须手术治疗。本病的治疗方法包括手术治疗、药物治疗甚至观察等待。医生一般会根据患者临床症状、病变大小以及是否有生育需求，制定最适合患者的方案。

1、对于囊肿较大者，为了预防囊肿癌变或破裂等问题，多建议手术切除病变。有的囊肿可引起不孕不育的问题，但患者本身有生育需求，可能需要手术分解粘连、恢复输卵管通畅以帮助患者实现妊娠目标。

2、对于没有痛经、月经失调的情况，或没有生育需求的患者，医生可能会建议用西药或中药保守治疗。

3、对于囊肿过小且没有症状者，有时可定期观察而不需要特殊治疗。