小阴茎多是由于各种因素阻碍了阴茎的正常生长发育所致。主要包括以下几方面原因：
1、性腺功能低下。男性一般会在青春期的时候，出现阴茎快速发育，而阴茎的发育与雄性激素密切相关，若此时伴有雄激素低下，则可能影响阴茎正常生长发育，导致小阴茎。例如卡尔曼综合征，其属于先天性的性腺功能低下，是由于下丘脑-垂体-性腺轴的功能障碍，导致雄激素分泌不足，从而影响了阴茎的发育。
2、雄激素不敏感。这类患者因为存在雄激素受体的异常，即使体内存在足够的雄激素，其机体也不能敏感识别和利用雄激素，进而影响阴茎的发育。
3、尿道下裂。严重的尿道下裂，也会影响到阴茎的发育。
需注意，很多男性其实属于发育正常的情况，但盲目与他人比较，主观认为自己阴茎小，并产生自卑和焦虑，这种情况一般不需要治疗干预。建议若发现阴茎较小的情况，应及时就医咨询，排查确认是否存在病理性情况。部分病理性的小阴茎，可以通过治疗改善。