先天性甲状腺功能低下主要通过药物进行治疗，目前主要采用替代疗法，主要的替代药物是左旋甲状腺素。通过适量的左旋甲状腺素替代治疗，可以补充患儿缺失的甲状腺素，从而促进患儿生长发育。

先天性甲状腺功能低下的原因，包括甲状腺缺如、异位甲状腺以及甲状腺素合成或分泌障碍。患儿会表现出智力低下等临床症状，因此应积极进行治疗。