肝臭的发生主要与肝硬化、肝癌、肝衰竭等疾病有关。

肝硬化失代偿、肝癌晚期、肝衰竭的患者，由于肝脏的功能受损，肝细胞清除甲基硫醇、二甲基硫化物等蛋氨酸代谢产物的能力下降，导致这些物质通过呼吸道排出体外。由于患者呼出的气体中含有此类物质，所以会产生类似于大蒜或烂苹果的特殊气味。