附睾囊肿手术的后遗症，包括以下几个方面：

1、如果附睾囊肿比较大，将整个附睾都包含在里面，手术分离时容易造成附睾的损伤，影响附睾功能，进而影响男性的生育功能；

2、附睾囊肿手术还可能会导致鞘膜积液、阴囊血肿等后遗症。

所以，没有生育过的男性，不建议做附睾囊肿的手术。