一粒0.35g的双歧杆菌活菌胶囊的用量通常为，成人一次1-2粒，一天两次，早晚各吃一次，饭后服。儿童用药宜由医生指导，可能需适当减量服，也建议孕妇和老年人在医生指导下服本品。
给儿童服药时，如果要打开胶囊将内容物溶于水，一定要选择偏凉的温水或凉开水溶解，否则过高的水温会使本品变质、失效。平时存放药品时，也要注意勿将药品放在高温或阳光直射处。
此外，还要注意，双歧杆菌活菌胶囊不宜与抗菌药合用，因为活菌制剂与抗菌药物会发生相互作用，互相降低药效，所以常需要分开服用，比如间隔几个小时先后服。此外，抗酸药物也可降低本品疗效，铋剂、鞣酸、药用炭、酊剂等均能抑制、吸附或杀灭活菌，而降低本品疗效，所以这些药物都不宜与双歧杆菌活菌胶囊合用。