双歧杆菌三联活菌散是经长型双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌三种活菌适当配合而成的活菌制剂，三者可组成一个在不同条件下都能生长、作用快而持久的联合菌群，在整个肠道黏膜表面形成生物屏障，阻止致病菌对人体的侵袭，抑制有害菌产生内毒素，从而维持人体肠道的正常生理功能。
由此，双歧杆菌三联活菌散可用于治疗肠道菌群失调引起的急慢性腹泻、便秘，也可用于治疗中型急性腹泻、慢性腹泻。
由本品药理作用可知，双歧杆菌三联活菌散不宜与抗菌药合用，因为活菌制剂与抗菌药物会发生相互作用，互相降低药效，所以常需要分开服用，比如间隔几个小时。此外，抗酸药物也可降低本品疗效，铋剂、鞣酸、药用炭、酊剂等均能抑制、吸附或杀灭活菌，而降低本品疗效，所以这些药物都不宜与双歧杆菌三联活菌散合用。
安全起见，建议患者在需要双歧杆菌三联活菌散与其他药物合用前，先征求医生或药师的同意，保证用药的安全性，也减少药物相互作用带来的不良影响。同时，服本品期间不宜喝酒，酒精也很大可能会影响药效，对腹泻等肠道紊乱情况的恢复也不利。