肝包虫病主要依靠影像学检查进行诊断，包括X线、超声、CT、核磁等。超声检查是诊断肝包虫病的首选检查方法，超声下可见囊肿呈圆形或类圆形，囊壁较厚，边界清楚、光整，囊内可见子囊，囊中可见光环、光团或活动光点，病变的周围可有回声增强征象。

肝包虫病在诊断时需要与原发性肝癌、肝脏良性肿瘤、肝脓肿、非寄生虫性囊肿、肝硬化门脉高压症进行鉴别。一般可以通过临床表现、体征以及典型的影像学征象进行鉴别。