肠胃宁胶囊需要在医生的辨证指导下使用，用药剂量、用药频次、用药疗程等问题都需要听医生的指导。由于每个人体质、病情等情况不同，所以每个人的用药方案会存在差异，请患者谨遵医嘱用药。
本品具有解痉、抗炎的药理作用，可直接作用于胃肠道，因此饭前服用药效发挥的更快，患者可以考虑饭前半个小时服用本品。
肠胃宁胶囊组成成分较多，且包含“十八反”、“十九畏”合用禁忌中的药物，比如本品含有党参、白芍，不宜与藜芦或其制剂合用；本品含有甘草，不宜与大戟、芫花、甘遂、海藻或其制剂合用；本品含有赤石脂，不宜与官桂（肉桂）或其制剂合用。因此患者使用本品期间若需要服用其他药物，请先咨询医生。服用本品期间不能吃酸、冷、刺激性的食物，以免影响治疗。
肠胃宁胶囊中还含有易成瘾成分罂粟壳，因此不宜过量或长期服用，用药期间定期复诊并在医生的指导下停药。