盐酸多西环素是广谱抑菌剂，高浓度时能达到杀菌作用。其对革兰阳性菌作用强于革兰阴性菌，对立克次体属、支原体属、衣原体属、放线菌属、炭疽杆菌、布鲁菌属等都有活性。
因此，在临床上，盐酸多西环素肠溶胶囊的适应症也很多，包括立克次体病（如流行性斑疹伤寒、地方性斑疹伤寒、洛矶山热、恙虫病和Q热）、衣原体属感染（包括鹦鹉热、性病淋巴肉芽肿、非特异性尿道炎、输卵管炎、宫颈炎及沙眼）、支原体属感染、回归热、布鲁菌病、霍乱、兔热病、鼠疫、软下疳等。
此外，盐酸多西环素肠溶胶囊也能治疗对青霉素类过敏患者的破伤风、气性坏疽、雅司、梅毒、淋病和钩端螺旋体病，以及放线菌属、李斯特菌感染。也将本品用于辅助治疗中、重度痤疮，用于治疗成人牙周炎。
