盐酸多西环素肠溶胶囊可用于立克次体病（如流行性斑疹伤寒、地方性斑疹伤寒、洛矶山热、恙虫病和Q热）、衣原体属感染（包括鹦鹉热、性病淋巴肉芽肿、非特异性尿道炎、输卵管炎、宫颈炎及沙眼）、支原体属感染、回归热、布鲁菌病、霍乱、兔热病、鼠疫、软下疳等。
此外，盐酸多西环素肠溶胶囊也能治疗对青霉素类过敏患者的破伤风、气性坏疽、雅司、梅毒、淋病和钩端螺旋体病，以及放线菌属、李斯特菌感染。临床上，也将本品用于辅助治疗中、重度痤疮，用于治疗成人牙周炎。患者服药前，可注意以下禁忌人群：
1、对盐酸多西环素肠溶胶囊或四环素类药物有过敏史的患者，禁用本品。过敏体质者和第一次用药者需警惕过敏的发生，一旦发现及时停药就医。
2、孕妇禁用盐酸多西环素肠溶胶囊。本品可透过胎盘屏障进入胎儿体内，沉积在牙齿和骨，引起胎儿牙齿变色、牙釉质再生不良，还会抑制胎儿的骨骼生长。动物试验中甚至发现本品有致畸胎作用，所以孕妇应避免服。
3、哺乳期妇女慎用盐酸多西环素肠溶胶囊。本品可经乳汁排出，甚至在乳汁中有较高浓度，为防止对乳儿造成不良影响，哺乳期妇女服药期应暂停哺乳。
4、8岁以下儿童禁用盐酸多西环素肠溶胶囊，安全性还不确定。
