盐酸多西环素肠溶胶囊可用于立克次体病（如流行性斑疹伤寒、地方性斑疹伤寒、洛矶山热、恙虫病和Q热）、衣原体属感染（包括鹦鹉热、性病淋巴肉芽肿、非特异性尿道炎、输卵管炎、宫颈炎及沙眼）、支原体属感染、回归热、布鲁菌病、霍乱、兔热病、鼠疫、软下疳等。
此外，盐酸多西环素肠溶胶囊也能治疗对青霉素类过敏患者的破伤风、气性坏疽、雅司、梅毒、淋病、钩端螺旋体病，以及放线菌属、李斯特菌感染。临床上，也将本品用于辅助治疗中、重度痤疮，用于治疗成人牙周炎。
患者服药期间，应注意以下药物与本品的合用：
1、盐酸多西环素肠溶胶囊可抑制血浆凝血酶原的活性，所以与一些抗凝药物合用可影响其抗凝效果，引起不良后果，两者常需调整剂量后合用。
2、巴比妥类、苯妥英、卡马西平等与盐酸多西环素肠溶胶囊合用时，会影响本品在体内的血药浓度，从而影响治疗效果，所以常需调整剂量后合用。
安全起见，患者需要合用本品与其他任何药物时，先咨询医师，获得允许后再加以合用，以减少药物相互作用带来的不良影响。