盐酸多西环素肠溶胶囊主要用于治疗立克次体病（如流行性斑疹伤寒、地方性斑疹伤寒、洛矶山热、恙虫病和Q热）、衣原体属感染（包括鹦鹉热、性病淋巴肉芽肿、非特异性尿道炎、输卵管炎、宫颈炎及沙眼）、支原体属感染、回归热、布鲁菌病、霍乱、兔热病、鼠疫、软下疳等。此外，盐酸多西环素肠溶胶囊也能治疗对青霉素类过敏患者的破伤风、气性坏疽、雅司、梅毒、淋病和钩端螺旋体病，以及放线菌属、李斯特菌感染，临床上也将本品用于辅助治疗中、重度痤疮，用于治疗成人牙周炎。盐酸多西环素肠溶胶囊引起的副作用有恶心、呕吐、腹痛、腹泻等。
1、消化系统反应：口服本品可引起恶心、呕吐、腹泻、腹痛等症状，偶有食管炎、食管溃疡的发生病例，但多发生于服药后立即卧床的患者。
2、中枢神经系统异常：可表现有头痛、呕吐、视神经乳头水肿等，这些可能是良性颅内压增高的表现。
3、血液系统异常：少有患者出现溶血性贫血、血小板减少、中性粒细胞减少和嗜酸性粒细胞减少，这些可通过实验室检查发现。
4、过敏反应：主要症状为斑丘疹和红斑，少数病人还出现荨麻疹、血管神经性水肿、过敏性紫癜、心包炎以及系统性红斑狼疮皮损加重表现，需积极就医。
5、肝病毒：脂肪肝变性患者和孕妇服本品容易发生肝病毒，有时还同时伴胰腺炎发生。
6、二重感染：长期应用本品可诱发耐药的金黄色葡萄球菌等引起的消化道、呼吸道和尿路感染，严重者出现败血症。
1、用药前应仔细阅读说明书，或向医生详细描述自己的特殊过敏史、身体状况、基础疾病以及近期用药情况等，排除用药禁忌，避免出现严重用药风险。
2、孕妇禁用盐酸多西环素肠溶胶囊，因为本品可透过胎盘屏障进入胎儿体内，沉积在牙齿和骨，引起胎儿牙齿变色、牙釉质再生不良，甚至抑制胎儿的骨骼生长。动物试验中甚至发现本品有致畸胎作用，所以孕妇应避免服。
3、哺乳期妇女慎用盐酸多西环素肠溶胶囊。本品可经乳汁排出，甚至在乳汁中有较高浓度，为防止对乳儿造成不良影响，哺乳期妇女服药期应暂停哺乳。
4、8岁以下儿童禁用盐酸多西环素肠溶胶囊，安全性还不确定。
5、对盐酸多西环素肠溶胶囊或四环素类药物有过敏史的患者，禁用本品。过敏体质者和第一次用药者需警惕过敏的发生，一旦发现及时停药就医。
6、严格遵医嘱定期做血常规及肝功能检查，以防药物引起的严重不良反应。
7、用药期间出现任何严重、持续或进展性的症状，应及时就医。