盐酸克林霉素凝胶属于皮肤局部外用药。每次用药前，宜先用水清洗患处并擦干，在保证干燥的情况下，取适量凝胶在患处薄涂一层。用药后旋紧瓶盖，置于阴凉、干燥、通风处，减少污染。通常建议痤疮患者每天早、晚各涂一次，涂药后注意不要让凝胶碰到其他皮肤，或者孩子、宠物等身上，以免引起更多刺激反应。
在应用盐酸克林霉素凝胶时，患者要注意禁止口服，仅用于痤疮患处皮肤，禁用于其他细菌引起的皮肤感染。同时，禁止将本品接触眼睛、口、鼻等黏膜，禁止用于破损皮肤，以免引起严重刺激，如果药物误入眼睛，立即用大量清水彻底冲洗，严重时就医。
虽然本品属于非处方药，但患者最好在确定自己的症状符合药品适应症时，再选择本品，可以在药师或医生的指导下判断。而且，12岁以下儿童不宜自行选用本品，需由医生指导用药，可能需要调整剂量，否则可能对儿童引起较大刺激反应。