直肠脱垂的病因尚未明确，目前认为主要与以下因素有关：

1、腹压增加。患者由于便秘、腹泻、慢性咳嗽等，引起腹压增加，推动直肠向下脱出。

2、精神因素。大概10%的患者受精神因素影响，如自闭症儿童或精神障碍的老年患者，经常有肛门不适感，容易久蹲厕所，导致直肠脱垂。

此外，直肠脱垂的发生还有三种学说，肠套叠学说、滑动性疝学说、直肠肛管压力失衡学说。如直肠肛管压力失衡学说是指因年龄增加或各种致病因素，引起肛提肌和盆底筋膜松弛无力，导致对直肠、子宫、阴道等部位的固定减弱，可造成直肠脱垂。