引起肛门疼痛的原因比较多，急性疼痛和慢性疼痛的原因各不相同。

1、急性肛门疼痛多是由于鱼刺、鸡骨头、枣核等异物刺激肛门，或者肛门脓肿、痔疮、肛裂等原因引起的。

2、慢性肛门疼痛多是由于肛管肿瘤、肛窦炎、直肠炎等疾病所导致的。

另外，还有部分肛门疼痛没有找到病因，称为肛门神经官能症。但是，随着现代医学的发展，近年来通过影像学检查和病史追溯，发现这类肛门疼痛与腰椎病变有关，如腰骶椎骨质增生、腰椎间盘突出等。