云南白药酊中含有制草乌，此药为孕妇禁用的药物，因此孕妇也禁止使用本品。本品使用的为经过炮制的草乌，其毒性已大大降低，但仍存在毒性成分，可引起神经系统、心血管系统、消化系统不良反应，还会影响胎儿发育。
云南白药酊可内服可外用，治疗皮肤、筋骨、关节、肌肉不适时，外用即可，如果病情较重可结合口服用药。口服本品的常用量为3-5ml，若口服超过5ml，请咨询医生。另外，哺乳期妇女、儿童及年老体弱者也需要在医生的指导下使用本品。
由于口服本品可引起恶心、呕吐等胃肠道不良反应。脾胃功能较差或有胃肠道疾病的人群应谨慎口服本品。
用药前请患者仔细阅读说明书，明确药物禁忌、用法用量、注意事项等，严格按照说明书用药或者遵医嘱使用，以免发生用药风险。