治疗肛窦炎的药物包括口服药物和外用药物。

一、口服药物主要是消炎药，可以使用广谱抗生素，也可以根据药敏试验的结果选择抗生素。

二、外用药物主要是痔疮膏或者直肠黏膜保护剂、灌肠液及中药洗剂等。

1、痔疮膏及直肠黏膜保护剂有复方角菜酸酯栓、化痔栓、龙珠软膏、肛泰软膏、复方痔疮栓、菊花栓、九华膏、九华栓等。

2、灌肠液包括复方黄柏液、三黄液等。

3、中药洗剂坐浴熏洗，不仅可以将肛门清洗干净，还可以加速局部的血液循环。