直肠炎没有特效药。由于直肠位于肠道远端，口服药物效果较差，一般局部使用栓剂，比如美沙拉嗪栓，同时可以口服双歧杆菌等益生菌，来调节肠道菌群。
直肠炎患者往往局部症状不明显，但心理负担比较重，应注意放松心情，保持心情舒畅。平时饮食宜清淡且容易消化，避免辛辣刺激性食物，特别是有肛门坠胀、疼痛、黏液脓血便等明显症状的时候。
对于病因比较明确的直肠炎，如细菌性痢疾或阿米巴痢疾引起的直肠炎，可以采用病因治疗；对于病因不明确的直肠炎，或者非特异性溃疡性结肠炎局限在直肠部位，可以采取中医中药治疗，比如口服中药加保留灌肠，会有一定效果。
